2002년 3월에 우리교회는 선교한국과 협력으로 부산서 처음으로 PSP 훈련과정을 개설했다. 지역 교회에 개설된 PSP의 훈련과정으로서는 드물게 매년 빠지지 않고 강좌가 개설 되어 훈련생을 배출하고 있다.2002년 5월 중국선교에 다시금 기회를 주셨다. 한족교회인 홍릉보 교회와의 연결이 그 것이다. 우리교회는 특별 헌금을 전달해서 한족교회당을 지어주고 그 헌당식에 담임목사와 선교위원장과 교인들이 참석하여 교회는 선교의 의지를 나타내었다.
2003년에는 세 번째 선교사가 파송된다. 홍성빈 목사였다. 교회는 기쁨으로 2003년 2월 2일 중앙 아시아의 키르기스 지역으로 파송하였다. 홍선교사는 선교 접촉점과 네트워크를 구축하는 등 1차 임기의 임무를 완수했고 2기 사역에 들어간 홍선교사는 소속된 선교단체인 웩에서 현지의 필드책임자라는 중책을 맡아 중앙아시아 3개국에 파송된 30여명의 서방 선교사들을 돌보면서 사역을 확대하고 있다.2004년 12월 5일 우리교회 선교역사에서 획기적인 역사가 이루어진다. 대청교회와 이웃한 장전제일교회가 이날 오전 예배 시 선교협약을 체결, 향후 5년간 양 교회는 아무런 조건 없이 협력 기로 약속한다. 분열과 반목 경쟁주의에 물든 교계에 새로운 패러다임을 제시하였다. 우리교회는 이로써 ‘조선족의 신학교육을 통한 소수민족전도’라는 프로젝트에 동역하게 된다. 양 교회는 조선족을 교육해서 사역자로 키운 뒤 그들이 남방의 소수민족에게로 나아가 가르쳐서 소수민족 지도자들을 키운 다음, 그 소수민족 지도자들이 스스로 선교하게끔 하는 선교전략을 세웠다.
먼저 운영위원회를 출발시킨 뒤 정규 학제 성경신학원으로 전환하고 커리큘럼과 교수요원의 확보를 최우선 과제로 하였다. 양 교회는 1차로 동북지방의 신학반 과정을 통해서 16명을 배출하였다. 그 가운데 9명이 목회 사역에 들어가는 성과를 보았다. 그리고 이 신학원 출신의 3명의 전도사를 남부지역으로 전략적 사역자로 파송하고 그 가운데 1명을 현지 인가된 신학교에 입학시켜 현지 핵심인물로 양성하였다. 그를 졸업시켜 현지인교회를 개척하게 한 뒤 이어서 남부지역에서 2005년 장청신학원을 개원하고 본격사역자 양성에 들어갔다. 참여해준 교수요원들은 관련 부분에 전문적인 식견과 실력은 물론 목회의 결실을 이룬 신학대학교 교수와 목회자들을 주의 깊게 선정하였다. 총신대와 고신대의 성경신학전공교수와 성경신학으로 정규 학위를 딴 목회자를 파송하였다.
한편 장년 교인들을 중심으로 한 의료와 봉사 등의 단기 선교팀의 조직도 이 시기에 계속 되었다. 2005년 1월 태국, 2006년 7월 아프가니스탄, 2006년 10월 태국, 2007년 8월 청년부의 일본, 2007년 9월 키르기스에 단기 평신도 선교팀을 파송해서 사역을 감당하였다.